Kisah dimulai pada masa kecil di Sibolangit, Sumatera Utara pada 1937. Likas Tarigan (Tissa Biani Azzahra) adalah gadis cilik yang tumbuh di antara kenakalan anak-anak lelaki sebayanya di sebuah kampung ladang tepi gunung. Sebagai murid yang pintar, ia kemudian berencana menempuh pendidikan sekolah guru di kota. Keberatan dari sang ibu (Jajang C Noer) yang tak ingin ditinggalkan anak-anaknya, membuat Likas jadi maju-mundur. Namun sang ayah (Arswendi Nasution) berpikiran maju dan justru mendorong anak gadisnya itu untuk memantapkan niatnya melanjutkan sekolah.
Alur kemudian bergulir manis dan lancar mengikuti perjalanan hidup Likas. Setelah lulus, Likas (dewasa diperankan Atiqah Hasiholan) ditempatkan di Pangkalan Berandan namun kedatangan tentara Jepang kemudian mengacaukan semuanya. Mengikuti arus kehidupan yang tak menentu, nasib mempertemukan Likas dengan tentara PETA bernama Djamin Gintings (Vino G Bastian). Setelah Indonesia merdeka, mereka pun menikah. Tapi, kedatangan kembali tentara Belanda yang membonceng sekutu memporak-porandakan impian mereka akan rumah tangga yang tenang dan damai.
Panggilan tugas pun memisahkan mereka. Djamin ditempatkan di Aceh, dan Likas ikut bersama mertua. Atas saran sang ibu mertua pula, akhirnya Likas menyusul suaminya ke Aceh. Di sana ia membuka sekolah darurat di tepi sungai, di tengah perang. Adegan demi adegan terpapar dengan runtut, dan enak diikuti. Tapi, sampai di sini, penonton barangkali mulai bertanya-tanya, siapa sih sebenarnya orang-orang ini? Likas, Jamin Ginting, siapa mereka?
Sebagai sebuah film biopik, '3 Nafas Likas' tampil begitu bersahaja, namun penuh wibawa. Penulis skenario Titin Watimena menggunakan teknik kilas balik untuk membingkai cerita. Hasilnya memberikan efek kejut yang lebih maksimal pada setiap perkembangan episode perjalanan hidup tokoh-tokoh utamanya. Rako Prijanto yang sebelumnya mengerjakan film jenis serupa, 'Sang Kiai' yang mengantarkannya meraih Piala Citra sebagai sutradara terbaik, kali ini berhasil mengemas film ini lebih fokus, solid dan utuh.