Dikisahkan dari sudut pandang tokoh Samihi setelah dewasa (diperankan Andre Julian), 'Rumah di Seribu Ombak' hadir sebagai sebuah kenangan. Semuanya berawal dari pertemuan antara Samihi belia (Risjad Aden) dengan Wayan Manik alias Yanik (Dedey Rusma). Samihi yang merupakan seorang muslim pendatang di kampung itu kerap 'dikerjain' oleh anak-anak setempat. Suatu kali, Yanik melihat dan menolongnya, lalu mereka pun berteman.
Film ini memberikan kejutan cerita pada setiap bagiannya, layaknya sebuah film misteri yang memaku kita ditempat duduk tanpa berani menarik napas.